RS Pendidikan Utama dan Jejaring

1. RSUD Panembahan Senopati Bantul
2. RS PKU Muhammadiyah Gamping(*)
3. RSUD Kota Yogyakarta
4. RSUD dr. Tjitrowardojo Purworejo
5. RSUD Tidar Kota Magelang
6. RSUD Temanggung
7. RSUD Setjonegoro Wonosobo

RS Pendidikan Jejaring – Stase Kedokteran Jiwa dan Kedokteran Forensik

1. RSJ Ghrasia
2. RSJ Prof. Dr. Soerojo Magelang
3. RSUP Prof. dr. Sardjito

RS Satelit

1. RSUD Wates
2. RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta

Stase Kedokteran Keluarga dan Kesehatan Masyarakat

1. Jaringan Puskesmas Dinkes Kabupaten Bantul
2. Jaringan Puskesmas Dinkes Kota Yogyakarta
3. Klinik Pratama Firdaus, Yogyakarta(*)

Stase Komprehensif

1. Jaringan RS PKU Muhammadiyah di Jawa Tengah, total sejumlah 22 RS.